Contra la costumbre de aquella época de servir este lugar para enterramientos, se edificó como base para la cabecera de la iglesia, lo que justifica la fortaleza y robustez de todos sus elementos. Nos llama la atención, nada más entrar, unas columnas cilíndricas muy irregulares, con unos fustes muy bajos que sostienen unos enormes capiteles de diferentes tamaños con una decoración muy sencilla, temas  vegetales y geométricos -este tipo de decoración se le llama “legerense”-. Apoyan en ellos los arcos de medio punto fajones y formeros.

Parece ser que la idea inicial era que tuviera tres naves: la central más dos laterales con sus correspondientes Ábsides semicirculares de bóveda de horno, pero al hacerlas de diferente anchura -la de en medio el doble que las laterales- la construcción de sus correspondientes bóvedas de medio punto no cumpliría su objetivo al ser, necesariamente, la de la nave central el doble de alta que las laterales. El maestro de Leyre resolvió el problema como vemos, dividiendo la central en dos, así las bóvedas de las cuatro era de la misma altura cumpliendo su misión de servir de base a la cabecera de la iglesia como se comenta arriba. Recibe la luz de tres vanos abocinados de arco de medio punto.

Es de planta casi cuadrada con unos muros de grandes sillares. Cubre cada nave una bóveda de cañón corrido, reforzada por arcos fajones que descansan sobre grandes pilares cruciformes de los denominados de triple esquina y las columnas citadas.

Fuera y a la izquierda hay un pasadizo del siglo XI, que utilizaban los monjes para salir al exterior. Al fondo de este túnel se encuentra la capilla  de San Virila (880-938), Abad de Leyre en el siglo X, famoso por la leyenda, según la cual, permaneció extasiado 300 años al oír el canto de un ruiseñor. Tiene tres tramos coincidentes con los de la cripta, cubiertos por una bóveda de cañón corrido.